يهدف المركز الي الارتقاء بالبحث العلمي في جامعة العلوم والتقانة في المجالات الطبية والعلوم  الطبية المختلفة، بما يحقق انعكاسا ايجابيا علي ربط البحث العلمي بالمجتمع وخدمة المجتمع، وذلك تحقيقا لاحد اهم اهداف الجامعة: هو الشراكة المجتمعية. كما يهدف المركز الي اعداد كوادر مؤهلة للجامعة، وذلك عبر برامج الماجستير والدكتوراه التي سوف تجري بالمركز. الكوادر المستهدفة هم اعضاء هيئة التدريس بجامعة العلوم والتقانة في كليات الطب وطب الاسنان والصيدلة والمختبرات الطبية والتمريض. وسوف يكون ذلك عبر التجهيز المحكم لكل المناهج والادوات التي يحتاجها الباحث داخل المركز بجامعة العلوم والتقانة او عبر التعاون مع المراكز البحثية في الجامعات الاخري. كما يهدف المركز الي تقديم خدمات مباشرة للمواطن السوداني، مثلا انشاء قسم للعناية بالقدم وقسم لتحليل الجينات وقسم لتشخيص الامراض السرطانية المختلفة  مما يسهل تشخيص كثيرا من الحالات وبذلك سوف يساهم المركز بتوطين العلاج بالداخل.